Fig. 1. Le champignon à pores d’orange (Favolaschia calocera) est un champignon lignivore tropical qui a gagné l’Europe via le commerce maritime. Photo: Paul Gerber
Les espèces exotiques (néobiontes) sont des organismes qui ont été introduits, intentionnellement ou non, par des activités humaines dans une région où ils ne sont pas naturellement présents. Une espèce est considérée comme néobionte si elle n'a été découverte dans une région qu'après 1492. L'année de la découverte de l'Amérique par Christophe Colomb marque en effet le début symbolique du commerce mondial. Certaines de ces espèces exotiques sont invasives, c'est-à-dire qu'elles se propagent fortement dans la nouvelle région et menacent l'écosystème local ainsi que les espèces indigènes importantes pour l'homme. Parfois, elles nuisent aussi directement à la santé humaine.
Fig. 2. Premier néomycète connu de Suisse: le charbon du maïs (Ustilago maydis). Photo: Ludwig Beenken, WSL
Comparés aux animaux (néozoaires) et aux plantes (néophytes) exogènes, les champignons exotiques (néomycètes) ont été les moins étudiés jusqu'à présent.
En ce qui concerne les champignons, la distinction entre les néomycètes et les espèces indigènes n'est possible que depuis le début du XXe siècle, car les champignons n'avaient pas été recensés systématiquement auparavant. Par exemple, peu après l'introduction du maïs en Europe, le charbon du maïs a été importée d'Amérique. En Suisse, elle n'a toutefois été décrite pour la première fois qu'en 1844 – la plus ancienne attestation connue d'un néomycète en Suisse (fig. 2).
Après que des scientifiques de l'Institut fédéral de recherche WSL ont publié en 2016 dans un rapport les faits les plus importants sur les néomycètes détectés jusqu'alors en Suisse, l'état actuel des connaissances a été résumé en 2021 dans une Notice pour la pratique.
Augmentation rapide des détections
Dans de nombreux cas, il est difficile de déterminer si une espèce de champignon est vraiment nouvelle pour une région ou si elle est simplement été passée inaperçue jusqu’alors. Pour certaines espèces de champignons, la région d'origine est connue. Si un champignon apparaît soudainement et est très voyant, il s'agit probablement aussi d'un néomycète.
Cependant, les champignons qui dépendent de plantes nouvellement introduites pour leur survie, comme la brûlure du maïs sur les plants de maïs, sont clairement identifiables en tant que néomycètes. Le commerce croissant de plantes vivantes a entraîné une forte augmentation exponentielle du nombre de néomycètes identifiés depuis la seconde moitié du XXe siècle (fig. 3).
Fig. 3. Croissance exponentielle du nombre de néomycètes en Suisse de 1844 à 2019.
Entre-temps, 298 espèces de champignons exotiques ont été identifiées en Suisse, dont 19 à caractère envahissant (état 2021). Le nombre réel devrait être nettement plus élevé, car de nouvelles espèces apparaissent en permanence et beaucoup passent longtemps inaperçues, par exemple parce qu'elles sont difficiles à détecter ou à déterminer.
Taxonomie et mode de vie
Plus de la moitié des néomycètes trouvés appartiennent au groupe des ascomycètes (champignons tubulaires), les basidiomycètes (champignons sur pied) représentent environ un tiers des découvertes et les oomycètes (champignons ovoïdes), qui ne sont pas de vrais champignons, plus d'un dixième. Un néomycète sur cinq appartient au groupe de champignons tubulaires de l'oïdium, dont les espèces causent des dégâts importants en tant que parasites des plantes dans l'horticulture et l'agriculture. Parmi les champignons sur pied, on trouve de nombreuses espèces du groupe des agaricales (souvent appelées champignons à lamelles) et de nombreux champignons de rouille et de brûlure nuisibles aux plantes. Parmi les champignons ovoïdes, l’oïdiumconstitue le groupe le plus important. Le grand reste des néomycètes se répartit entre de nombreux petits groupes de champignons différents (fig. 4).
Pour leur survie, les champignons dépendent de l'apport de matières organiques par d'autres êtres vivants, le plus souvent des plantes. En fonction de leur mode de vie, les néomycètes découverts peuvent être répartis en trois groupes (fig. 5):
- Les saprobiontes se nourrissent de matières organiques mortes. Près de 20% des découvertes appartiennent aux saprobiontes.
- Les champignons parasites extraient les nutriments des plantes vivantes (hôtes) et les endommagent souvent. Ils représentent plus de 75% des néomycètes.
- Les champignons symbiotiques reçoivent également les nutriments des plantes vivantes, mais fournissent à leur tour des nutriments à leurs partenaires. Cette relation mutuellement bénéfique concerne 3,5% des néomycètes.
Parfois, les champignons vivent également dans des plantes vivantes, de manière endophytique, c'est-à-dire sans provoquer de symptômes. Il existe en outre des formes transitoires, comme les saprophytes, qui poussent sur des plantes affaiblies en tant que parasites de faiblesse.
Fig. 4. Fréquence des différents groupes de champignons parmi les néomycètes (état en 2021).
Fig. 5. Mode de vie des néomycètes en Suisse (état en 2021).
Origine
Fig. 6. Région d’origine des néomycètes présents en Suisse (état en 2021).
L’origine d’environ un quart de l’ensemble des néomycètes trouvés en Suisse est encore inconnue. Environ un tiers provient d’Amérique du Nord et un cinquième d’Asie. Quelque 15 % sont originaires de la région méditerranéenne. Seuls quelques néomycètes sont issus de zones telles que l’Amérique du Sud, l’Australie, l’Afrique du Sud, etc. (fig. 6).
La plupart des lieux d'origine ont été déterminés en fonction de l'origine de leurs plantes hôtes respectives. Les néomycètes symbiotiques et parasites sont généralement introduits avec leurs plantes hôtes et restent limités à celles-ci dans la nouvelle région. Lorsqu'ils passent à de nouvelles plantes hôtes, celles-ci sont souvent proches de celles d'origine.
La plupart des espèces arrivent en Europe centrale par le biais du commerce des plantes, introduites par les pépinières et les jardineries. Mais des champignons exotiques peuvent aussi être facilement introduits lors du transport (emballages), avec du bois de construction ou d'ameublement, ou par le biais du transport de personnes. Certaines espèces pourraient également avoir immigré après que leur aire de répartition d'origine – par exemple le bassin méditerranéen ou l'Asie centrale – se soit étendue, favorisée par les changements climatiques ou la plantation des plantes hôtes. En outre, certains néomycètes suisses ont d'abord été introduits dans un autre pays européen, puis se sont répandus par vol de spores et ont ainsi atteint la Suisse. C'est le cas par exemple du champignon à pores d’orange (Favolaschia calocera, voir fig. 1). En tant que champignon saprotrophe, il peut coloniser différentes espèces végétales. Après avoir été introduit en Italie par des importations de bois, il a migré naturellement vers le Tessin. Il est donc parfois impossible de faire une distinction claire entre les champignons introduits et les champignons immigrés.
Propagation en Suisse
Des néomycètes ont été identifiés dans toutes les régions et tous les cantons de Suisse, le plus souvent dans des centres commerciaux ou des régions particulièrement chaudes comme le sud du Tessin, la région lémanique ou l'agglomération de Zurich (fig. 7). Comme la plupart des néomycètes dépendent de plantes exotiques, ils apparaissent aussi souvent dans des habitats fortement influencés par l'homme, comme les cimetières, les jardins ou les parcs (fig. 8).
Fig. 7. Répartition des signalements de néomycètes en Suisse (état en 2021).
Fig. 8. Habitats des néomycètes en Suisse (état en 2021).
La plupart des espèces d'arbres et de plantes ornementales sur lesquelles on trouve de nombreux néomycètes sont cultivées en plaine et ont besoin de chaleur. Par conséquent, près de 80 % de toutes les découvertes de néomycètes se trouvent dans des régions situées à moins de 600 m d'altitude. Les découvertes faites au-dessus de 1800 m d'altitude ne représentent que 1,1 % et se composent de quelques espèces comme l'oïdium du sureau (Erysiphe vanbruntiana, fig. 9).
Fig. 9. L’oïdium du sureau (Erysiphe vanbruntiana) est souvent présent dans les habitats naturels et il est l’un des rares néomycètes à gagner les altitudes plus élevées des Alpes. Photo: Ludwig Beenken, WSL
Dangers causés par les néomycètes
Les champignons remplissent des fonctions importantes dans la nature. En symbiose avec les plantes, ils favorisent leur santé, en tant que décomposeurs, ils libèrent des nutriments et en tant que parasites, ils régulent la population végétale. Lorsqu'ils arrivent dans de nouvelles régions, leur influence sur les écosystèmes locaux peut être très différente. Ils peuvent être neutres, nuisibles ou même utiles dans certaines circonstances. Ainsi, certains champignons pourraient aider à lutter contre les plantes envahissantes. En Grande-Bretagne, le champignon de la rouille Puccinia komarovii var. glanduliferae a déjà été lâché dans la nature pour combattre l'impatiente glanduleuse (Impatiens glandulifera). L'efficacité de cette méthode reste à déterminer.
Fig. 10. Symptômes typiques du dépérissement des pousses du frêne, avec éclaircissement et embroussaillement du houppier. Photo: Ludwig Beenken, WSL
La plupart des néomycètes ne représentent pas un grand danger. Un danger potentiel réside dans le fait que certaines espèces invasives pourraient supplanter les espèces de champignons indigènes. Mais la plus grande menace provient des parasites invasifs qui s'attaquent aux plantes indigènes. Ainsi, une grande partie des ormes d'Europe ont péri à cause du flétrissement de l'orme, causé par deux espèces de champignons envahissants (Ophiostoma novo-ulmi et O. ulmi). Le frêne commun (Fraxinus excelsior), menacé par le dépérissement des pousses du frêne (fig. 10), pourrait connaître un sort similaire. En effet, contrairement au frêne de Mandchourie (Fraxinus mandshurica), originaire d'Asie, il n'a pas encore pu développer de mécanismes de défense spécifiques contre son agent pathogène, Hymenoscyphus fraxineus, originaire d'Asie. Après l'apparition de la maladie des pousses du frêne pour la première fois en Suisse en 2008, la Suisse a été pratiquement entièrement touchée en l'espace de quelques années. La disparition d'espèces clés aussi importantes peut amener d'autres organismes qui en dépendent au bord de l'extinction et déstabiliser des écosystèmes entiers.
La disparition d'essences forestières cause surtout des dommages économiques à court terme chez l'homme. Cependant, certains néomycètes menacent l'alimentation de la population mondiale en s'attaquant à des plantes agricoles et horticoles importantes. Au milieu du XXe siècle, l'introduction du mildiou de la pomme de terre (Phytophthora infestans) en Europe a provoqué une famine qui a tué plus d'un million de personnes. De nos jours, la raceTR4 de Fusarium oxysporum, qui ressemble à une moisissure, menace la production mondiale de bananes. Certains néomycètes peuvent également avoir un impact direct sur la santé humaine. Ainsi, l'inhalation des spores du champignon tubulaire Cryptostroma corticale, qui s'attaque aux érables, peut provoquer des symptômes de maladie chez l'être humain.
Lutte et suivi
Fig. 11. Chancre de l’écorce du châtaignier. Photo: Ludwig Beenken, WSL
Une fois qu'une espèce envahissante est largement répandue, il est extrêmement difficile, voire impossible, de la combattre. Certaines espèces peuvent être combattues biologiquement, comme le chancre de l'écorce du châtaignier (Cryphonectria parasitica, fig. 11), qui est infecté par un virus fongique. La lutte à l'aide de fongicides en forêt est interdite par l'ordonnance sur la réduction des risques liés aux produits chimiques (ORRChim). La priorité dans la lutte contre les néomycètes est la prévention, c'est-à-dire l'empêchement de l'introduction de l'espèce. Une fois que les espèces envahissantes se sont établies, il est difficile, voire impossible, de les combattre. On ne connaît que rarement des mesures de lutte spécifiques, par exemple pour le chancre de l'écorce du châtaignier. Le tableau 1 donne un aperçu des mesures de prévention.
Tabl. 1. Récapitulatif des mesures de prévention contre l’introduction des néomycètes…
| Mesure | Description |
| Élaboration de listes | Listes énumérant les néomycètes connus et potentiellement invasifs (p. ex. la liste d’alerte de l’OEPP ou la liste des organismes de quarantaine dans les deux ordonnances sur la santé des végétaux (OSaVé et OSaVé-DEFR-DETEC) |
| Infections expérimentales | Infestation ciblée d’essences indigènes avec des champignons étrangers connus en vue de découvrir les espèces de champignons qui présentent une menace potentielle. |
| Plantes sentinelles | Système de détection précoce avec des plantes sentinelles: des essences indigènes dans nos contrées sont plantées en plein air dans d’autres continents afin de découvrir les champignons non-indigènes, éventuellement encore inconnus, qui pourraient infester des arbres indigènes. |
| Restrictions à l’importation | Dispositions plus restrictives pour le trafic de marchandises car la législation actuelle ne peut pas empêcher l’introduction de néomycètes invasifs: 1) uniquement introduction de matériau végétal traité désormais (p.ex. fongicides, chaleur) 2) pas d’importation de bois/d’écorce non traités (maladies vasculaires à l’image de la graphiose de l’orme) ou plantes en pot (p. ex. Phytophthora spp.) |
| Surveillance génétique | Des méthodes génétiques permettent d’examiner les plantes importées afin de rechercher la présence éventuelle de néomycètes problématiques connus. |
Afin de prévenir l'introduction d'autres néomycètes, l'importation et le commerce de plantes vivantes, mais aussi de substrats tels que le bois et la terre, devraient être contrôlés de manière plus complète quant à la présence de tels nouveaux champignons. Si un néomycète est tout de même introduit, la détection précoce est importante, car il est encore plus facile de lutter contre un foyer d'infestation limité dans l'espace au début. Les pépiniéristes et les horticulteurs, ainsi que les forestiers et la Protection de la forêt suisse, sont des acteurs particulièrement importants dans ce domaine. La Protection de la forêt suisse et SwissFungi sont des points de contact pour les renseignements spécialisés et font office d'interface avec les offices fédéraux compétents. Sur le site Internet de SwissFungi, on peut en outre consulter quelques fiches d'information sur les néomycètes importants en Suisse ainsi qu'une liste actuelle des néomycètes connus en Suisse.
Bibliographie
De plus amples informations et des références figurent dans l'article original (PDF).
La publication Champignons introduits en Suisse est disponible gratuitement sur simple demande auprès du WSL:
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